隨著口蹄疫疫情的長期化，人們開始擔心爆發“第二次環境災難”。從客觀數位可以看出，這種憂慮不再是杞人憂天。

據統計，此次爆發口蹄疫疫情後宰殺的家畜包括牛、豬、鹿和山羊等，合計312.7463萬頭（截至6日），家畜掩埋地達4054處（截至5日）。政府一直沒有公佈掩埋地數量，此次是第一次公開掩埋地超過4000處的事實。

和過去的事例進行比較後就可以瞭解事態有多麼嚴重。2000年至去年5月先後爆發四次口蹄疫疫情，宰殺的家畜共達22萬頭左右，掩埋地為620多處。也就是說，此次口蹄疫疫情引發的後遺症達過去四次疫情總和的6（掩埋地）到14倍（宰殺數量）。

另外，去年12月31日發生的禽流感(AI)疫情也很嚴重。據統計，至今為止被宰殺的雞、鴨超過500萬隻，全國共有197處掩埋地。

政府一位有關負責人表示：“和口蹄疫病毒不同，禽流感病毒可傳染給人類，屬於人畜共患病，實際上更加危險，但現在卻被口蹄疫疫情所掩蓋。遍佈全國各地的口蹄疫、禽流感家畜掩埋地將會出現多種形式的環境污染後遺症。”

政府預測的二次環境污染類型大體分為四種。其中，上月對廣尚北道家畜掩埋地實施的塌陷危險性調查顯示，錯誤選擇掩埋地導致的塌陷、土壤流失將引發環境污染，這個問題很嚴重，但從長期來看，家畜掩埋地區的瀝出物外流問題會對環境產生更加惡劣的影響。

一位政府人員表示：“尤其是活埋家畜的部分掩埋地，大坑底部鋪設的塑膠布會被家畜的趾甲等硬物劃破，瀝出物不免會外流。掩埋地塌陷還可以通過修補等方式解決，但對於瀝出物外流問題，可以說是束手無策。”

另外也很難確認地下水是否被污染，一旦被污染，只能禁止飲用地下水並向該地區供應自來水，除此之外沒有其他能防止污染擴散的有效對策。

過去發生疫情時也出現過這種情況。環境部2009年對15個禽流感家畜掩埋地進行的環境監測結果顯示，8個掩埋地出現瀝出物外流現象，擴散到掩埋地以外的土地，掩埋地附近居民用作飲用水的地下水中，82%(45處中的37處)超過了飲用水的水質標準。

對此，政府緊急採取措施，向家畜掩埋地半徑3公里以內的村子提供自來水。但尚未找到有效對策，從根本上解決地下水和土壤污染問題。